Ｑ
戸建賃貸に契約した結婚前の２人が入居しましたが、片方が子連れだったようで、
３人でくらしていることが判明しました。契約違反であることは明確ですが、
申込人が退去後に同居人が居残ったり等問題が起きたりしないか心配です。

Ａ
契約内容の確認と経緯をもう少し詳しく確認させて頂かないと的はずれな回答になるかもしれませんが、不動産会社（管理会社）を介して契約していたらその会社に相談する必要があります。
意図的に隠していた（なんらかの事情があった）場合はトラブルの原因になります。
母子家庭では借りる事ができないので代わりに契約するというケースもあります。
また、同居人が居残るというのは契約者が退出した時に一度解約をして頂き、残った同居人とどのような内容で再契約するか検討及び手続きが必要だと思います。